https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/react/actibar.html 除了研究化学反应的机理细节外，ORCA 还可用于计算准确的能垒，从而以一定的精度预测反应速率。 这里必须清楚，将实验能垒的绝对值与计算的能垒的绝对值进行比较是相当困难的。首先，因为这些“实验”值从来都不是直接测量的，而是经过一系列假设后

本文主要介绍使用ms、vesta、ovito软件实现data文件的格式转换，为lammps建模提供了一种简单有效的方法。 前面已经介绍过一种MS转data文件的方法：lammps中data文件的建立 – Steins;Gate 对于MS建立的模型，要想在LAMMPS中被读取运行，就必须转化为LAMMPS可读取的data文件。 除了运用msi2lmp转换为LA

本文介绍variable命令两种不同的使用方式：“v_"和"&"。 在lammps模拟中，variable命令用的相对比较多，可以根据需要定义不同的变量。 在使用自定义变量或者调用自定义变量的时候，lammps给出了两种命令：“v_"和"&"。 这两种命令到底有什么不同，如何选择使用？ 下面以Cu拉伸代码为例，讲解这两种方式的区别。 #定义变量L0，L1 在

本文介绍非晶sio2的建模方法。 sio2的建模方法有很多，可以下载cif文件使用atomsk转为data文件，也可以直接在ms中导入sio2结构，这些方法建的sio2都是标准的sio2晶体。 如果要建立非晶状态的sio2，就是把排列规则的sio2变成无序排列的sio2。 非晶建模方法有很多，在lammps中，可以通过高温高压的方法打乱sio2的排列实现非晶

本文讲解lammps基础命令fix npt设置。 关于系综的设置，前面已经介绍过多次，但在咨询中发现，对于大部分初学者来说，对于系综选择和设置还是有些困惑。 fix npt命令名称就可以看出，它的主要作用是对体系进行控温和控压操作。 npt的控温原理与nvt类似，通过调整原子的速度来调整整个体系的温度。 体系压力的控制通过调整box的尺寸进行调节，如果体系压

在阅读论文时，大家应该会注意到，不同的论文在模拟时，可能采用不同的控温方式。 有的是Nose-Hoover，有的是速度标定法，有的同学可能不知道如何用代码实现。 控温的基本原理是通过调节原子的速度达到调节体系温度的目的。 调节原子速度的算法有很多，因此，对应的控温方式有多种。 下面介绍lammps常用的几种控温方式对应的实现代码，只讲代码不讲原理，有兴趣的可

进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。 前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。 1. minimize命令 minimize命令通过力的计算排开距离过近的原

boundary命令设置box的边界条件，语法比较简单： 参数xyz分别设置该维度的边界条件，最基本的边界条件有四种：p、f、s、m。   lammps支持对同一方向的两个表面设置不同的边界条件，如对y方向下表面设置f边界、上表面设置s边界，可以写为： 1. 周期性边界：p   参数p表示周期性边界条件，当粒子从一侧飞出，会从相对应的另一

原子速度在分子动力学模拟中是一个重要的参数，不仅决定了当前时刻体系的温度，也决定了原子在下一个的位置。 速度的设置是分子动力学模拟必不可少的一个步骤。 在lammps中，使用velocity命令设置原子的速度，命令格式为： 其中，group-ID指定哪一组原子将要被设置速度，style决定了速度设置的类型。 常见的速度设置方式有以下三种： （1）veloci

虽然lammps模拟没有可视化的前处理和后处理程序，但lammps提供了两种方式输出模拟结果。 thermo和thermo_style命令输出模拟过程中总体系的信息，如体系的温度、势能、动能、压力等结果，但是不能输出单个原子的信息。 lammps提供了dump命令输出单个原子的信息，如原子坐标、受力、原子速度等。 本文主要介绍一下dump命令的使用。dump

fix命令为一组原子施加fix约束。 使用语法 ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数   使用举例 使用介绍 为一组原子施加fix约束。在LAMMPS中，fix是施加在分子动力学时间步或能量最小化过程中的某种操作。

本文介绍run命令的几种不同用法。 run命令是lammps模拟中必不可缺的一个命令，主要功能是设定运算步数并启动运算。 最常见的命令是run+步数，其实，run命令还有更高级的应用，下面分类介绍run命令的用法。 （1）运行N步：run N run+步数是用的最多的一条命令，主要功能是运行N步。 例如，run 1000 指在当前状态下继续运行1000步。

lammps软件只是一个求解器，没有可视化的前处理和后处理软件，所有的命令只能通过代码的方式输入到求解器进行求解计算。 所有的命令都被写到一个称为“in”的文件里，对于初学者来说，熟悉in文件的编写是一个难点。 in文件其实就是一个文本文档，也没有要求文件名或者后缀名中必须带有“in”字样，用任何文件名均可运行。 in文件里的代码是按照编写的顺序进行解释执行

系综是指大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。 在lammps模拟中，常用的系综有nve、nvt、npt三种系综，下面说说这三种系综的使用方法。 1. nve（微正则系综） nve系综保证系统中原子数量n、体系总体积v和体系总能量e保持不变。 nve系综没有控温的功能，初始条件确定后，在力场的作用下，原子速度发生变化，相应的体系

Data文件书写步骤 lammps中关键的一步是data文件的建立，这里总结3种不同的方法来建立data文件。（个人推荐方法二） 方法一 首先通过Ms建立模型，然后输出cif或者pdb格式文件（最好用pdb格式文件，因为pdb格式文件包含电荷）；其次，通过Atomsk进行格式转化，将cif格式转换成lammps识别的lmp格式文件；（注意：MS导出cif格式

1.安装Lammps 下载安装lammps https://rpm.lammps.org/windows/64bit/LAMMPS-64bit-latest-MPI.exe 2.安装mpich2 首先参考了以下三个博客： https://blog.csdn.net/muyangzixue/article/details/112758801 https://b

安装WSL2子系统 首先打开Windows powershell，以管理员身份运行，输入 查看可用的Linux版本，我选的是Ubuntu 之后使用 安装 退出子系统后，输入wsl重新进入Ubuntu，相当于重启系统。 命令 可以查看已经安装的Linux版本以及wsl版本。 WSL修改位置 WSL默认安装在C盘，如果空间不够，可以迁移到其他分区。 在Windo

今天简介一下 Materials Studio（MS）中 FORCITE 模块。FORCITE模块主要是基于分子动力学（Molecular Dynamics）研究体系的扩散系数，径向分布函数，回转半径等性质。 MS中的 FORCITE 模块是由 DISCOVER 模块发展来的，在 MS 8.0 中 DISCOVER 模块完全被 FORCITE 取代。在动力学

下载后解压缩 mosdns与easymosdns 安装 mosdns与easymosdns 如果DNS服务器搭建在内网 还需关闭ECS 最后，开启防火墙UDP/TCP的53端口即可（略） 此时一台EDNS服务器就搭建完成了！高级操作请参考Github项目地址上的说明。https://github.com/pmkol/easymosdns   &nb

注册账号 去ros官网注册个试用账号，不登录的话会被限速带宽1M，虽然试用一个月，但是到期后还是维持试用时期设置的配置。ROS路由官网:https://mikrotik.com/client 安装ROS 把国内小鸡DD成ROS路由，dd前 使用fdisk -lu 注意查看下自己VPS的 磁盘路径 并不是所有VPS 都是 /dev/vda 这个路径 有些可能是